Trường THPT Phó Cơ Điều do thầy Phan Văn Lê sáng lập và thành lập 16/08/1963

Năm 1975 đến 1989, nhà nước trưng dụng ngôi trường làm trường THCS Phó Cơ Điều do phòng Giáo dục Rạch Giá quản lý

Năm 1989 UBND tỉnh Kiên Giang giao trường lại cho thầy Phan Văn Lê. Từ năm 1989 đến 1998, trường hoạt động dưới hình thức là Trung tâm ngoại ngữ tin học.

Năm 1999 tâm nguyện của thầy Phan Văn Lê được UBND tỉnh đáp ứng, trường Trung học phổ thông Dân lập Phó Cơ Điều ra đời theo Quyết định số 1821/1999/QĐ-UB ngày 08/9/1999. Năm 2006 trường đổi thành trường THPT Tư thục Phó Cơ Điều

Đến năm 2013 trường đổi tên thành trường THPT Phó Cơ Điều theo Quyết định số 1756/QĐ-UBND ngày 16/7/2013 của Chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang